Farnost ve Slušovicích je poprvé zmiňována v roce 1386, a to v souvislosti s prvním nám známým farářem Janem z Holešova. Bohužel nelze historicky dokázat, že tento kněz je totožný s věhlasným učencem a odpůrcem Husovým, který se narodil roku 1366 v Holešově. Později odešel na studia do pařížské Sorbonny a po návratu vstoupil do benediktinského řádu v břevnovském klášteře v Praze. Po vypuknutí husitských válek se stal členem mnišské komunity v Rajhradě u Brna, kde působil jako převor a kde také zemřel v roce 1436. Jan z Holešova patřil ve své době k nejvzdělanějším osobnostem. Napsal traktát o naší nejstarší známé české duchovní písni Hospodine, pomiluj ny. Provedl nejen její notový zápis, ale i její teologický a jazykovědný rozbor.
Dále je autorem Pojednání o Štědrém večeru, ve kterém popisuje lidové zvyky spojené s oslavou Štědrého dne. Stává se tak vlastně zakladatelem etnografie (národopisu). Významný český historik Josef Pekař mu připsal autorství latinské rozpravy O českém pravopisu. V ní se zavádějí diakritická znaménka místo doposud používaných spřežek. Ostatní badatelé přisoudili autorství tohoto díla Janu Husovi.
Osobnost Jana z Holešova je také dávána do souvislosti s odporem proti husitství. Měl tak konat nejen svými teologickými spisy, ale i přímým vystoupením proti Husovi na památném sněmu kostnickém.
Jan z Holešova snad mohl krátce působit ve Slušovicích na samém počátku své duchovní dráhy.
Brzy však odchází do Prahy a jeho život je již spjatý s jinými místy, mimo náš region. Jako benediktin pak působil v rámci svého řádu.
Katolická duchovní správa existovala ve Slušovicích až do počátku 16. století. Nemáme žádné zprávy o obsazenosti fary v době husitských válek, ale víme, že v roce 1447 došlo k únosu nejmenovaného slušovického faráře několika lidmi ze Zlína, kteří zároveň na faře pobrali různé cenné předměty. Celá záležitost skončila u zemského soudu v Olomouci. Tato událost dokazuje, že řádná duchovní správa trvala i v tomto nelehkém období, i když jména farářů neznáme. Teprve roku 1504 je jako slušovický farář uváděn řádový kněz František Simon.
Za vlády Nekešů z Landeka přešla řada far do rukou luterských kněží. Na lukovském panství to byly fary ve Fryštáku, v Kašavě a ve Slušovicích. Církevní majetek byl nadlouho rozchvácen a vnitřní zařízení kostela bylo z větší části rozkradeno. Ani sami nekatoličtí kněží neměli z čeho žít. Jméno jednoho z nich je doloženo k roku 1603, jednalo se o Vavřince Goletze.
Vedle luteránů byla na Zlínsku rozšířena i Jednota bratská. Její obce nebyly početné a čítaly většinou jen několik desítek lidí. Nám nejbližší sbor byl v Hrobicích (1594). Jména duchovních správců hrobických se nedochovala, ale v minulosti se jedna polní trať nazývala Ve Zboře. Podobně jako další bratrské sbory neměl ani tento dlouhého trvání. Náboženskou svobodu ukončila bitva na Bílé hoře v roce 1620.
V souvislosti s rekatolizací, kterou započali na svém panství manželé Albrecht z Valdštejna a Lukrecie Nekešová z Landeka a jejímž nejvýraznějším projevem bylo založení poutního kostela a kláštera ve Štípě, došlo k dočasnému obnovení katolické duchovní správy ve Slušovicích. Roku 1613 se uvádí kněz Martin Tichý (Mitis). O tři léta později pak Alexander Toman; působil zde však jen krátce.
Situace v období třicetileté války neumožňovala řádnou duchovní správu, jak názorně ukazuje příklad kněze Jana Bisbicena. Když přišel v roce 1630 konat bohoslužbu, Slušovičtí ho vyhnali. Jeho působení tak bylo značně omezené. Není proto divu, že nejpozději od roku 1633 je slušovická fara spravována z fary fryštácké. Tamější administrátor kvůli rozsáhlosti farního obvodu využíval služeb jiných kněží, zejména řádových.
Až v roce 1674 holešovský děkan Ondřej Schwarz zavedl příslušné matriky jen pro Slušovice. Ke znovuobnovení fary došlo až o několik let později. Značná vzdálenost od Fryštáku, rostoucí populace i naléhavá potřeba rekatolizace vedly lukovského pána Jana Fridricha Minkviceho z Minkvicburku k opětovnému zřízení samostatné slušovické farnosti a k dosazení stálého faráře. Protože byly farní pole a louky zabrány a výběr desátků byl velmi obtížný, zavázal se patron kostela k roční platbě faráři ve výši 300 zlatých, a to ve čtvrtletních dávkách. To stvrdil listinou vydanou v Olomouci 14. prosince 1686.
Hospodářské poměry obnovené farnosti se přesto nelepšily, neboť lukovská vrchnost dohodu neplnila. Hlavním zdrojem příjmu tak zůstával obvyklý naturální obilní desátek. V majetku farnosti zůstala jen nevelká zahrada a jedna louka. Rozhodující ale byla skutečnost, že Slušovice znovu získaly svého vlastního duchovního správce. Ten byl uveden do úřadu 19. prosince 1686.
